Para el cumplimiento de sus objetivos la Fundación Pueblo Indio del Ecuador:

• Realiza estudios, diagnósticos, planes y proyectos que recojan y sustenten las iniciativas y necesidades sentidas de las comunidades y grupos indígenas organizados del Ecuador.

• Conforma comisiones de estudio y asesoramiento especializados en los  diversos aspectos que atañen a la promoción del pueblo y  espiritualidad indígenas.

• Apoya al movimiento indígena nacional en la defensa, difusión, educación y búsqueda de garantías de los derechos de los pueblos indígenas.

• Gestiona con personas naturales o jurídicas, públicas o privadas, nacionales o del exterior, el otorgamiento  o donación de recursos económicos y apoyos para el logro de sus objetivos.

• Apoya moral y materialmente al Centro de Formación de Misioneras Indígenas.

Adicionalmente difunde y actualiza dentro y fuera del país el pensamiento y vida de Mons. Leonidas Proaño, referente ético –espiritual de los empobrecidos; de los pueblos indígenas y de los luchadores por la paz y la justicia.